Сюжет игры берёт начало в 2010-ых годах. Игрок получает возможность выбора из трёх фракций. В Generals Соединённые Штаты и Китай — две супердержавы, подвергаются атакам со стороны Глобальной Освободительной Армии (англ. Global Liberation Army), террористической организации из Ближнего Востока с неясным списком руководителей. И США и Китай изображены как главные герои в серии, и часто сотрудничают друг с другом всюду по сюжетной линии. Эти три фракции вступают в войну, подобную реальной войне с терроризмом.
Каждая кампания включает семь миссий. Желательно сначала пройти кампанию за Китай, потом за ГЛА и затем за США. При таком порядке, Китай принимает ответные меры за разрушительное ядерное нападение ГЛА на Пекин и, в конечном итоге, полностью уничтожает ячейку террористов, руководившую операциями в Тихоокеанском регионе. Эту кампанию сопровождают такие инциденты, как разрушение Плотины Три Ущелья и использование китайского ядерного оружия. Здесь начинается кампания террористов, которые пытаются оправиться от неудачи в Китае (накапливают капитал и натравливают сверхдержавы друг на друга), захватывают космодром Байконур для запуска советских ракет с биологическим оружием. После этого начинается кампания США, которые преследуют ГЛА до их главного штаба, а также противостоят китайскому генералу, который симпатизировал террористам.
Каждая фракция изображена в уникальной манере: армия США использует современные технологии, в то время как Китай использует старые, но проверенные и эффективные технологии развивающихся стран. Его сила выражается также в количестве войск (большие группы юнитов получают «бонус орды»). Основной упор террористов — на небольшие вылазки (используя химическое оружие) и многочисленных дешёвых бойцов.
В отличие от Tiberian Sun или Red Alert, в Generals нет главных героев, кроме игровых на поле боя (где они играют незначительную роль). Игрок является генералом соответствующей армии и зарабатывает «очки генерала», повышающие ранг и открывающие доступ к новым способностям (к примеру, заказ авиаудара и возможность отремонтировать юниты в определённой области).
Несмотря на крайне положительное изображение Китая в игре, столь нехарактерное для большинства американских компьютерных игр, в этой стране серия Generals к продаже запрещена, вероятно, из-за изображённой ядерной атаки на площадь Тяньаньмэнь в первой миссии китайской кампании, а также по причине неосмотрительного использования ядерного оружия широкого радиуса действия.
История Generals продолжилась в дополнении Command & Conquer: Generals - Zero Hour.
Для каждой фракции в игре написано собственное музыкальное сопровождение. Открывающей и закрывающей музыкальной темой китайской кампании является национальный гимн страны. Музыкальная тема Соединённых Штатов состоит из эпической, милитаристической музыки, написанной Биллом Брауном. Саундтрек кампании ГЛА может быть описан как комбинация арабской музыки и хэви-металла, подобно сомалийской теме в Black Hawk Down.

Фанаты вселенной Command & Conquer и её альтернативы Red Alert раскритиковали использование слов «Command & Conquer» в заголовке Generals, в значительной степени из-за стиля геймплея C&C. В других играх серии игроки перед каждой миссией смотрели видеобрифинги, связывающие вместе миссии и сюжет; панель управления для создания зданий и юнитов была расположена в правой части экрана; не было никакого «среднего человека» (юнит, необходимый для создания других структур) и все сюжетные линии были сосредоточены между Союзниками и Советами (Red Alert), или GDI и NOD (C&C). Есть мнение, что игра должна была стать продолжением линейки Red Alert от Westwood, лейбл C&C остался.
Generals, с другой стороны, отступают от обычной темы Command & Conquer: GDI, Братство NOD и тиберий, как ресурс, не присутствовали в игре. Эта игра — не часть серии Red Alert, это полностью отдельный игровой мир. В отличие от предыдущих C&C игр, Generals и аддон Zero Hour разработаны студией EA Los Angeles, уже после поглощения Westwood Studios мегакорпорацией EA Games. Механика игры больше похожа на другие игры жанра RTS, к примеру, на популярные StarCraft и Warcraft III от Blizzard Entertainment. Панель управления находится внизу экрана, уникальные юниты каждой фракции (США: Полковник Бартон, Китай: Чёрный Лотос, ГЛА: Джармен Кел) напоминают героев из Warcraft 3, некоторые юниты имеют кнопки специальных действий (магические заклинания в серии Warcraft). Атака и защита многих юнитов может быть улучшена в особых зданиях, как и в стратегиях Blizzard. Отсутствие видеобрифингов и введение «среднего человека» было встречено с сопротивлением. В отличие от предыдущих C&C игр, игрок может строить столько супероружия, на сколько у него хватит денег; эта проблема стала главной темой для споров онлайн игроков (при создании сервера можно выбрать: полностью разрешить использование супероружия или ограничить максимальное его количество до 1 на каждого игрока). В Zero Hour это ограничение было расширено, из-за добавления настоящих генералов. В частности, онлайн игроки часто запрещают использование генерала супероружия — Алексис Александр, у нее есть возможность вызвать очень мощных бомбардировщиков Аврора Альфа, которых невозможно подстрелить в процессе выполнения бомбёжки. В результате этих изменений, фанаты серии утверждают, что это не настоящая игра Command & Conquer. Некоторые даже утверждают, что название игры необходимо было изменить на «Age of Generals», из-за похожести на серию игр Age of Empires от Microsoft Game Studios.

Вдобавок к изменениям, приведённым выше, игроки могут приобретать «очки генералов». Уничтожая вражеские здания и юниты, игрок, как генерал, повышает свой ранг и зарабатывает очки. Высокоранговые генералы получают доступ к большому количеству способностей и поддержке вне карты (к примеру, удары артиллерии и воздушная поддержка). Пятизвёздные генералы имеют доступ к самым мощным способностям.
Каждая фракция в Generals уникальна в отношении юнитов, основных структур и сбора ресурсов. Но даже в этом случае, все три стороны полагаются на бараки для производства пехоты и на фабрики для производства транспортных средств. Одна из главных целей в Generals — баланс, от начала и до конца игры, каждая сторона имеет достаточно сил, чтобы выжить. Это отличается от, например, Red Alert 2, где Советы, с их танком Рино, практически непобедимы в начале игры; и, наоборот, Союзники особенно сильны в конце игры, используя комбинации из передвижных крепостей (Battle Fortress) и морпехов (GI).

Сюжет аддона продолжается с того же места, на котором завершился оригинал: военные действия ведутся по всему миру. GLA производит запуск ракеты с токсинами, захватив космодром Байконур в Юго-Западном Казахстане. Их цель — база ВМС США в Северной Европе. Нанеся первый ракетный удар, террористы готовят второй запуск…
Американское командование разрабатывает операцию «Глобальная безопасность» (англ. Global Security). Поскольку пусковая площадка находится в горной долине, попасть в которую можно только на поезде, американские войска захватывают вокзал. Они грузят в поезд свои элитные подразделения и отправляются прямо к стартовой площадке. Высадившись из поезда, они вступают в бой с силами GLA, охраняющими стартовую площадку, пока их рейнджеры подают сигнал бомбардировщику, который прилетает и сбрасывает тактический заряд до запуска ракеты.
Тем временем на побережье Сомали идёт бой: линейные корабли ВМС США обстреливают доки, пытаясь уничтожить засевших там террористов, но подобные действия чреваты уничтожением груза гуманитарной помощи. Тогда в дело вступает звено истребителей, базирующихся на авианосце Deadalus, который также стоит в гавани. Совершив налёт на доки, истребители полностью уничтожают засевших в них террористов, давая возможность американским силам произвести высадку на берег, которые должны обеспечивать безопасность колонне грузовиков с грузами, направляющихся в склад, расположенный в городке неподалёку. После того, как автоколонна с грузами успешно достигает склада, войска США переключаются на поиски террористов, которые наносят удары по наземным американским силам. Используя новых беспилотных роботов-разведчиков, они обнаруживают в горах базу GLA и сравнивают её с землёй, обстреляв её с линкоров, всё ещё стоящих в гавани.
Обнаружив секретную лабораторию по исследованию нового химического оружия, которая расположена рядом с горой Эльбрус, военное командование США проводит тактическую операцию «Снегопад» (англ. Snow Fall): уничтожив с воздуха один из лагерей террористов неподалёку от лаборатории, они сбрасывают десант, который освобождает американских пленных, содержащихся в деревне неподалёку. Китайский спецагент захватывает базу террористов на другом берегу реки, отрезая охрану лаборатории от подкреплений. Небольшой отряд успешно пробирается к лаборатории. Они закладывают заряд на горном склоне напротив лаборатории, а затем подрывают его. Начавшаяся снежная лавина сносит лабораторию.
Устранив эти первичные угрозы, ВВС США десантируются под покровом ночи неподалёку от нефтяных полей Амисбада в Иране. Уничтожив террористов на аэродроме, они оперативно развёртывают там свои силы, однако постоянно подвергаются нападениям. Террористы пытаются уничтожить их с помощью мобильных ракетных комплексов СКАД, но безуспешно — новейшие лазерные противоракетные джипы американцев дают возможность отбить эти атаки. Затем армия США переходит в наступление. Вызвав свои мощные штурмовики A-10, США уничтожает ключевые сооружения террористов на базе GLA в горах, а затем довершают уничтожение базы наземными войсками, хотя им и приходится передвигаться по местности с большой осторожностью — все подступы к базе заминированы.
Наконец, США подбираются к главной угрозе — к доктору Траксу. Обнаружив со спутника его заводы по производству химического оружия, они уничтожают их крылатыми ракетами, но, как выясняется, это ещё не все проблемы — террористы успели подготовить четыре ракеты, заполненные токсинами. Времени до запуска остаётся совсем мало. Но тут как раз кстати объявляются террористы, несогласные с Доктором Траксом, и предлагают свою помощь, присоединившись к силам США. С трудом прорвавшись сквозь оборонительные линии Доктора, они захватывают стартовые площадки всех четырёх ракет.

Следуя традициям C&C-серии, разработчики создали красивый и разнообразный игровой мир. Время суток, погода, тип местности и ландшафта - все эти характеристики меняются от карты к карте, а огромное количество объектов (деревья, камни, кусты, дома, склады и т.п.) позволили создать тщательно проработанные карты, на которых находится множество объектов, часть из которых представляет определенный интерес и с военной точки зрения. Например, на многих картах имеются технические сооружения (нефтяные вышки, ремонтные платформы и т.п.), захват которых может существенно помочь, особенно на первых стадиях игры, а гражданские постройки могут быть использованы пехотой для оборудования мощных оборонительных точек.
Разрушаемость в игре практически полная. Всевозможные постройки (дома, бензоколонки, склады и т.д.) имеют разный запас здоровья, однако тяжелое вооружение позволяет игроку сравнивать с землёй целые городские кварталы, а танковая колонна с лёгкостью устроит просеку даже в густом лесу. Тем не менее, ключевые объекты в игре все же неуязвимы (например, мосты и склады с припасами).
В целом игра старается придерживаться реального положения вещей, однако в некоторых случаях реализм был принесён в жертву удобству. Например, взлётные полосы у аэродромов США и Китая сильно укорочены, а любой пехотинец по росту чуть ли не выше джипов и танков. Бронетехника не требует топлива и боеприпасов, а самолёты летают чуть ли не над самой землёй, что даёт возможность легко сбивать их вражеским силам ПВО. Впрочем, следует отметить, что именно благодаря таким жертвам бои в Generals нередко получаются очень яркими и впечатляющими.

Аддон Zero Hour в значительной степени разнообразил Generals. Каждой фракции были добавлены новые юниты, постройки и апгрейды, а также создана полностью новая кампания. Общее число миссий в кампании аддона меньше, чем в оригинале, однако карты в них значительно больше, тщательно проработаны, отличаются хорошо поставленными сценами на движке игры, а также имеют видеозаставки (в виде теленовостей) перед каждой миссией.
Главным нововведением стали отдельные генералы (по три на каждую фракцию), которые имеют специализацию на определенном виде вооружения и способах ведения войны. Также стал доступен новый игровой режим («Генеральский поединок»), в котором игрок, выбрав генерала себе по вкусу, поочереди противостоит другим генералам, а в конце поединка - генералу-боссу, который обладает способностями всех генералов вместе взятых.
В то время, разделение основных игровых фракций (Китай, США, GLA) на отдельных генералов привело к серьёзным нарушениям в балансе игры, что особенно заметно при игре с живыми соперниками, которые, в отличие от компьютерных противников, могут с максимальной выгодой пользоваться теми или иными преимуществами генералов.

Формально игра относится к классическим RTS. Ей присущи такие обязательные действия как сбор ресурсов, строительство базы, накопление армии перед атакой и т.п. Тем не менее, в отдельных случаях игра напоминает Ground Control II: Operation Exodus - битвы могут вестись не многотысячными армиями, а небольшими, компактными универсальными отрядами, которые при грамотном управлении, а также своевременной поддержке (авиация, артиллерия и т.д.) способны выиграть бой у противника, имеющего гораздо более серьёзные силы. С другой стороны, никаких ограничений на развитие базы и количество юнитов в Generals нет, поэтому иногда бывает проще и быстрее создать армию из тяжелой бронетехники, которая позволит покончить с противником одним мощным ударом.
Как и в большинстве стратегий, в игре доступны отдельные кампании со своей сюжетной линией и одиночные карты для баталий с компьютерными или живыми соперниками. Возможна игра через локальную сеть или через Интернет на официальном игровом сервере. При выполнении определенных условий игрок может заработать медали. Одни из них получаются довольно быстро (например, медаль танкиста можно получить, построив 50 или больше танков), другие же необходимо зарабатывать долго и упорно (например, Последняя Медаль выдаётся за победу на всех картах на максимальном уровне сложности с максимальным количеством противников). Практической пользы от медалей нет, они просто служат своеобразным украшением в нижней части экрана в меню выбора карты для одиночной игры.