Прошло 32 года после разгромного поражения СССР в битве под Москвой. Североатлантический Альянс не затронул территорию Союза чтобы не провоцировать агрессию в рядах советских граждан и установил жесточайшие ограничения на применение какого-либо вооружения.
Два опытных офицера и ученый, доктор Зелинский, приводят в жизнь секретный замысел тогда еще полковника Черденко. Они отправляются в 1927 год, Брюссель, и ликвидируют Эйнштейна, ответственного за техническое превосходство Альянса.
По возвращении в штаб Крюков и Черденко узнают об исчезновении всего мирового ядерного арсенала — без Эйнштейна ядерное оружие не изобрели. В войну вступает Империя Восходящего Солнца, стремящаяся захватить весь мир.

Одной из главных особенностей игры является совместное прохождение основной сюжетной кампании. Данная идея в стратегиях реального времени воплощена впервые. В случае одиночного прохождения, в каждой миссии даётся компьютер-союзник, который сам строит базу, атакует, и т. д. Чаще всего, столкнувшись с мощной защитой, он останавливается, предоставляя инициативу игроку. Компьютерному союзнику можно отдавать простые приказы — указывать цели для атаки или места для концентрации войск.
Также разработчики отошли от принципа «раша». В отличие от предыдущих игр серии, нельзя победить, построив большое количество однотипных сильных юнитов. Обычным солдатам отводится более значительная роль, чем, к примеру, в «Red Alert 2». Например, только советские солдаты могут быстро выгнать врага из занятого здания с помощью коктейлей Молотова, а щит миротворцев НАТО значительно увеличивает их выносливость.
Значительное внимание уделено сражениям на воде. Почти все постройки можно строить и на воде, и на суше, некоторые танки могут плавать, а корабли — передвигаться по суше.
Чтобы обезопасить рудокопов, создатели сделали обязательным создание перерабатывающих заводов непосредственно возле складов с рудой, хотя игрок имеет возможность посылать рудокопов в отдалённые склады.
У каждой стороны своя система строительства зданий. У Альянса, система является стандартной для серии «C&C» — каждое новое здание строится в «буфере», затем игрок выбирает место, в котором готовое здание появляется почти мгновенно. У СССР, строительство происходит на месте, и здания являются довольно уязвимой мишенью для врага, но при постройке крана появляется возможность строить несколько зданий одновременно. Японцы «упаковывают» свои здания путём нанотехнологии в крайне уязвимые мобильные контейнеры, которые затем «распаковываются» на месте. Таким образом, японцы могут строить здания почти где угодно а также несколько зданий сразу.
Каждой из сторон доступны «геройские» юниты, особые возможности и специфические постройки, представляющие доступ к более совершенным технологиям. Новое вооружение становится доступным за счёт «единиц знаний», общее количество которых равно 10. Они начисляются по мере времени или по уровню индикатора опасности, который повышается в зависимости от потерь.

Генеральный Секретарь ЦК КПСС Анатолий Черденко (Тим Карри) — Генеральный секретарь ЦК КПСС, ставший во главе Союза после политического провала своего предшественника Александра Романова. Решает уничтожить Альберта Эйнштейна в прошлом. До этого, был полковником под командованием генерала Крюкова. В одной из миссий за СССР говорит игроку, что происходит из рода казаков.
Доктор Григорий Зелинский (Питер Стормаре) — создатель советской машины времени, использованной Черденко для убийства Эйнштейна. Жалеет о содеянном. В американской и японской кампаниях перебегает из СССР, чтобы рассказать ЦРУ о изменённых событиях. В его говоре лучше всего наблюдается пародия на «неправильное» английское произношение русских.
Дарья Федорович (Ивана Милишевич) — оператор-помощница игрока.
Генерал Борис Крюков (Эндрю Дивофф) — главнокомандующий советских вооружённых сил. Завидует своему бывшему подчинённому, вдруг ставшим главой государства. Организовал покушение на Черденко, однако покушение проваливается и генсек раскрывает замысел Крюкова. В итоге игрок уничтожает генерала по приказу Черденко. (В действительности покушение было сфабриковано самим Черденко, чтобы подставить генерала Крюкова, и руками игрока убрать его как соперника в борьбе за власть)
Наталья Волкова (Джина Карано) — советская коммандо и снайпер; Герой Советского Союза.

Фельдмаршал Роберт Бингэм (Джонатан Прайс) — главнокомандующий вооружённых сил Альянса.
Президент Говард Т. Акерман (Джонатан Симмонс) — Президент США. Неоконсерватор.
Специальный агент Татьяна Адамс (Дженни МакКарти) — Полевой агент ЦРУ.
Лейтенант Ева МакКенна (Джемма Аткинсон) — Офицер связи. Помощница игрока.

Император Ёсиро (Джордж Такеи) — глава Японского государства. Редко проявляет эмоции и строго придерживается кодекса чести бусидо. Твёрдо верит в то что Япония обязана править миром.
Кронпринц Татцу (Рон Юан) — прогрессивный сын Императора. Именно с его подачи император Йосиро позволил женщинам вступать в армию. Также, Татцу является ответственным за огромное технологическое преимущество Страны Восходящего солнца.
Синдзи Симада (Вик Чао) — ведущий специалист по парапсихологии.
Юрико Омега (Лиза Тамасиро) — пси-коммандо Империи, подопытная Симады.
Суки Тояма (Келли Ху) — помощница игрока.

Каждая сторона обладает двумя видами супероружия: одно наносит большой урон, а второе даёт войскам какое-то преимущество.
Супероружием Альянса является Хроносфера, устройство телепортирующее наземную и водную технику на любое расстояние (в этой истории, создателем устройства является не Эйнштейн а компания FutureTech). Энергия Хроносферы губительна для пехоты. Так как изобретателем машины управляющей погодой был Эйнштейн, с его гибелью в 1927 году, учёные США создали новое разрушительное супероружие — Протонный коллайдер.
В роли супероружия, СССР пользуется «Железным занавесом» — устройством, окутывающим технику в непробиваемый энергощит. Этот щит смертелен для пехоты. Из-за исчезновения Эйнштейна, мир остался без ядерного оружия. Вместо этого, учёные СССР разрабатывают Вакуумный коллапсатор, орудие, которое создаёт на территории врага локальный вакуум, засасывающий всё в округе в одну точку с огромной, взрывоопасной, силой.
Имперские учёные создали для своего Императора Генератор наночастиц, создающее непробиваемый щит. В отличие от Железного занавеса, этот нанощит создаётся на определённой площади и не позволяет перемещения в или из него. Те же учёные, которые создали Юрико Омегу, также изобрели устройство под названием Пси-деструктор, создающий убийственную телекинетическую волну.

Во второй миссии за японцев, игроку нужно уничтожить мемориальный комплекс в Сталинграде и видоизменённый памятник «Родина-мать», что в принципе невозможно,Второй Мировой войны, также происходящей в её время Сталинградской битвы, не было.
Разработчики откровенно издеваются над традиционным голливудским псевдорусским акцентом — в роликах за СССР передразнивается «русско-английское» произношение, а фамилия Наташи намеренно произносится с ударением на второй слог (Волко́ва).
Маршал американских войск носит планки от советских медалей, причём, медали посвящённые победам и юбилеям побед в ВОВ (в частности медаль за победу, медаль за взятие Кёнигсберга), а также медали десятилетних юбилеев Красной Армии.
В миссии «Соловьи и розы» в городе Красна-45 можно увидеть аттракцион в котором нужно забросить мячик в рот портрета генсека Черденко. В этой же миссии японцы развлекаются в тире.
Для рекламы игры, компания создала веб-сайт с несколькими видеоклипами, где актёр Дэвид Хасселхофф юмористически рекомендует всем поиграть в «Red Alert 3». В одном из видео, он предупреждает людей о «злобных дельфинах, готовых уничтожить любое судно» и представляет «дружелюбных медведей, которые всего лишь стремятся распространить социализм по всему миру».
Первая презентация «Red Alert 3» проводилась на глубине 60 метров в подземном бункере-тоннеле в Москве на Таганке.
В миссии за Империю со штурмом Лос-Анджелеса выделяется штаб EA Los Angeles с пиратским флагом на крыше и многочисленными теннисными кортами, бассейнами и т. п. В той же миссии Император говорит, что местный парк развлечений позорит аналог в Йокогаме (он действительно существует в реальности), и его надо срочно уничтожить.
1 апреля 2009 года на официальном сайте серии C&C появились сведения о советском танке-мамонте, оказавшемся живым мамонтом с пушками на спине, топчущим противников. Позже были добавлены материалы, чтобы добавить этого мамонта в игру. Скорее всего, это слон, так как видно, что у этого «мамонта» нет шерсти.