Как и в предыдущей части, действия игры разворачиваются между III и IV эпизодами. После смерти Галена Марека (Старкиллера) прошло шесть месяцев. Восстание разгорается всё сильнее. Разрозненные силы повстанцев раскиданы по галактике, но продолжают сопротивление. Дарт Вейдер, желая получить достойную замену своему бывшему ученику, проводит эксперименты по клонированию на Камино. Герой (либо сам Старкиллер, либо его клон) просыпается в лаборатории на планете Камино. Он в смятении, его разум затуманен, но Сила всё так же крепка в нём. Лорд Вейдер пытается убедить героя, что он - всего лишь клон, эксперимент, раб, призванный исполнять волю Императора. Но герой не верит в это и сбегает из заточения. На планете неймодианцев он спасает своего давнего знакомого магистра Коту, брошенного там на медленную и тяжёлую смерть, возвращается в строй повстанцев. Между ним и Котой разгорается спор - возможно ли клонировать джедая, повторив его уникальные возможности? Но времени на это нет - Империя, идущая по пятам беглеца, атакует флагман повстанцев, и Дарт Вейдер берёт Джуно, возлюбленную Старкиллера в плен. Чувства к девушке терзают страдальческую душу героя, заставляя отправиться в необдуманную погоню за "приманкой" Вейдера, чтобы спасти любимую и узнать ответы на все вопросы. Смог ли тёмный лорд проделать уникальный эксперимент и клонировать Старкиллера или же соврал своему взбунтовавшемуся ученику? Ответы лежат там же, где и началась история - на Камино, где разворачивается масштабная битва и подлинная драма...

Старкиллер — ученик Дарта Вейдера и главный герой игры. Умерев от рук Дарта Сидиуса, он лишил Дарта Вейдера возможности убить императора и дал начало восстанию. Был клонирован своим учителем (Впрочем, в игре напрямую не сказано оригинал ли главный герой или же клон. Клоном является Тёмный Ученик, появляющийся в «плохой» концовке игры.). Всё время, что он провёл в неволе на Камино, ему внушали, что он всего лишь инструмент для захвата империи. Старкиллер хочет восстановить свою память, потерянную при смерти . Единственное, что он помнит — Джуно Эклипс, которую он и собирается найти.
Дарт Вейдер — один из главных героев игры и всей саги «Звёздные Войны». Его план по убийству своего учителя, Дарта Сидиуса, провалился, началось восстание против империи, а клон его ученика, Старкиллера, который оставался его последней надеждой на захват империи, сбежал. Теперь его цель — найти беглеца.
Джуно Эклипс — объект любви главного героя, ставшая одним из первых командиров альянса и капитаном корабля «Спасение» («Salvation»). Была похищена Бобой Феттом по приказу Дарта Вейдера, который надеялся использовать её как приманку.
Генерал Кота — мастер джедай, переживший приказ 66 благодаря тому, что не использовал отряды клонов. В первой части был ослеплен Старкиллером, но впоследствии стал его учителем. После поражения своего ученика в битве с Императором продолжил повстанческую деятельность. Пропал во время миссии на Като Неймодиа, откуда и был вытащен ищущим Джуно Старкиллером.
Барон Тарко — командир имперского аванпоста на планете Като Неймодиа. Работорговец, владелец казино. Построил огромную арену для проведения гладиаторских боёв.

Старкиллер использует два световых меча. Цвет и свойства мечей можно менять, находя специальные кристаллы. К тому же, у игрока есть возможность использовать силу. К способностям из первой части игры разработчики добавили новые. Способности открываются по мере прохождения игры и улучшаются за очки, получаемые при убийстве врагов. За очки можно повысить и боевой навык.