Группа была основана в 1983 году Энтони Кидисом (вокал), Хиллелом Словаком (гитара), Майклом «Flea» Бальзари (бас-гитара) и Джеком Аиронсом (барабаны).

В первый раз группа обратила на себя внимание во время выступления в клубе «Rhythm Lounge» с песней «Out In LA», где четвёрка сразу обрела своих первых поклонников. После группа переименовалась в «Red Hot Chili Peppers». Спустя несколько месяцев после премьеры, группа подписала контракт c EMI.

В то время Словак и Аиронс были связаны с другой группой «What Is This?», которая в свою очередь выгодно заключила договор с MCA. Это вынудило их покинуть группу, после чего их место заняли Клифф Мартинес (барабаны) и Джек Шерман (гитара). Надо заметить, что Джек Шерман отличался по стилю игры от «Red Hot Chili Peppers».

Продюсером дебютного альбома группы «The Red Hot Chili Peppers» стал Энди Джилл. Джилл оказывал сильное давление на группу, в результате чего между ними сложились напряженные отношения. Альбом «The Red Hot Chili Peppers» вышел 10 августа 1984 года и не имел никакого коммерческого успеха. Плохие отношения между Кидисом и Шерманом привели к увольнению гитариста. Но к счастью, в это время в группу вернулся Словак.

Продюсером второго альбома стал Джордж Клинтон. Выпущенный 16 августа 1985 альбом «Freaky Styley» тоже не был коммерчески успешным, однако, в отличие от своего предшественника, более точно отражал стиль RHCP. В это время группу покинул Клифф Мартинес, а место занял вернувшийся в группу Джек Аиронс.

Продюсером третьего альбома выступил Майкл Беинхорн. Благодаря оригинальному составу группы, новый альбом «The Uplift Mofo Party Plan», вышедший 25 июня 1987 года, имел успех. Одновременно с тем Словак испытывал серьёзные проблемы с наркотиками, что привело к его смерти 25 июня 1988 года. Смерть Хиллела Словака стала огромным потрясением для группы, в результате чего Кидис уехал из города, а Джек Аиронс навсегда покинул RHCP, заявив, что он «не хочет быть частью того, что убивает его друзей». Фли занялся другими проектами.

Через некоторое время группа приступила к работе над новым альбомом. Для этого было необходимо найти нового гитариста и барабанщика. Через знакомых Кидис и Flea вышли на Джона Фрусчанте, поразившего их своей игрой до такой степени, что вопрос о его участии в группе был мгновенно решен. Оставалось найти только ударника. Группе посоветовали обратиться к Чеду Смиту, на котором они и остановили свой выбор после прослушивания. В августе 1989 года вышел новый альбом «Mother's Milk», включавший в себя песни, в будущем ставшие хитами. Альбом был посвящён памяти Словака.

В 1990 году Red Hot Chili Peppers подписали контракт с Warner Bros, а продюсером нового альбома стал Рик Рубин. На время работы над альбомом участники группы уединились в особняке. 24 сентября 1991 года вышел альбом «Blood, Sugar, Sex, Magik», ставший одним из лучших альбомов группы. Red Hot Chili Peppers попали на обложки самых известных журналов.

Во время одного из туров в Азии, Джон объявляет о своём уходе. Заменой Фрусчанте стал Арик Маршалл, который не смог вписаться в коллектив. После него в группу взяли Джесси Тобиса, который продержался также недолго. В 1993 году в группу был приглашён Дэйв Наварро.

Затем Red Hot Chili Peppers приступили к работе над альбомом «One Hot Minute». Альбом вышел 12 сентября 1995 года и явился коммерчески успешным, а песни «Aeroplane», «Warped» и «My Friends» стали хитами. Группа принимает участие в записи саундтреков, например «Hard Charger» к фильму Говарда Стерна, «Love Rollercoaster» к мультфильму «Beavis and Butt-Head Do America» («Бивис и Баттхед уделывают Америку») и др. В апреле 1998 Наварро покинул группу из-за творческих разногласий.

В апреле 1998 Фли навестил Джона и официально пригласил его обратно в группу. Впервые за шесть лет группа воссоединилась.

8 июня 1999 года вышел седьмой студийный альбом «Californication», ставший успешным сразу после своего выхода. Ещё три песни стали хитами: «Scar Tissue», «Otherside», «Californication». В 2000 году, песня «Scar Tissue» была удостоена премии Грэмми, в номинации Best Rock Song. В 2001 году они выпустили первый DVD концерт.

9 июля 2002 года вышел восьмой альбом Red Hot Chili Peppers — «By the Way». Новый трек «Can’t Stop» стал одной из самых популярных записей группы.

В 2006 году вышел «Stadium Arcadium», награждённый премией Грэмми. В начале 2007 года Red Hot Chili Peppers выиграли 5 номинаций Грэмми: «Лучший Рок-альбом» («Stadium Arcadium»), «Лучшая песня» («Dani California»), «Альбом года» («Stadium Arcadium»), «Лучший клип» («Dani California»), «Лучший продюсер» (Рик Рубин).

Red Hot Chili Peppers вернулись в студию, для записи нового альбома 12 октября 2009. 16 декабря 2009 было официально объявлено об уходе Фрусчанте из группы по причине занятия сольной карьерой. 2 января 2010 года его заменил бывший сессионный гитарист Джош Клингхоффер. По словам Чада Смита следующий альбом группы должен выйти в 2011 году, и его продюссирует Рик Рубин. Также он рассказал, что в июле 2010 года они снова пойдут в студию чтобы записать и доработать новые песни, сейчас их двадцать, возможно появятся новые. По его словам, альбом будет отличаться абсолютно новым звучанием: Джош и Фли добавят новые партии клавишных, кроме того, стиль игры и голос Джоша тоже отличаются. Чэд Смит отметил невероятную креативность нового гитариста. «Мы уже работали с ним раньше, поэтому у нас не было долгого периода привыкания» — говорит он.

Компания-разработчик компьютерных игр Activision проявила интерес к группе. Вышла новая игра «Guitar Hero: Red Hot Chili Peppers».

Новый альбом RHCP планируется к выпуску в марте 2011 года и называется «Dr. Johnny Skinz’s Disproportionately Rambunctious Polar Express Machine-head».