Механика основана на редакции Dungeons & Dragons 3.5. Действие разворачивается в фэнтезийном мире Forgotten Realms. Игрок имеет возможность изучить различные области Фаэруна, в том числе города, леса и подземелья.

В самом начале игры игроку предстоит создать своего персонажа, в соответствии с правилами Dungeons & Dragons, который включает выбор расы и класса, с последующим присвоением очков навыков. В игре есть 12 базовых классов. По ходу развития персонажа открывается доступ к множеству, так называемых, престижных классов. Классы можно комбинировать в количестве до четырёх.

Можно включить в группу до 5 спутников, спутники друидов и следопытов, фамильяры волшебников и колдунов и прочие призванные существа. Для того, чтобы выяснить историю или добиться лояльности NPC, необходимо иметь на него достаточно влияния.

В основе сюжетной линии противостояние группы искателей приключений с игроком во главе и могущественного древнего создания по имени Король Теней.

Герой начинает приключения в маленькой деревне на болотах — Западной Гавани (West Harbor), на которую нападают создания из внешних миров Гитиянки и управляемые ими дуэргары. Разобраться в причинах этого — первоначальная цель героя. В процессе своего странствия он узнает, что Гит охотились за осколками их Серебряного меча, который по совместительству является единственным оружием, которым можно победить древнего стража Иллефарна, известного как Король Теней (King of Shadows). И когда гитиянки были побеждены, именно Король Теней дамокловым мечом нависает над Невервинтером и над всем миром. В игре возможны две основных концовки.

Акт 1

Отбив первое нападение дуэгаров, герой получает от своего приёмного отца Дэйгуна наказ — найти спрятанный им на соседнем болоте серебряный осколок (единственная вещь, ради которой стоило нападать на деревню) и отнести его в город Невервинтер. Преследуемому дуергарами герою также предстоит получить первые известия о Тени, исходящей из далёких топей, столкнуться не только с бегущими от неё племенами ящеров, но и со жрецами-некромантами. В самом Невервинтере его ожидает другая проблема — из-за таинственной смерти нескольких дворян власти ограничили для посторонних вход в район Чёрного Озера, где живут волшебники. Брат Дэйгуна советует герою для получения пропуска вступить в ряды городской стражи или присоединиться к местным бандитам, дабы они провели его своими тропами. После выполнения (в зависимости от выбранного пути) ряда заданий, как в самом Невервинтере, так и вдали от города, герою наконец-то удаётся поговорить с мудрецом Алданоном. Он говорит, что эти осколки (которых у героя уже несколько) — от древнего меча, которым пользовался известный в Невервинтере чернокнижник Аммон Джерро. Герой отправляется на поиски последнего из потомков чернокнижника — Шандры Джерро. Но здесь ему предстоит опять столкнуться с отрядом, которые также разыскивают её. На этот раз — насмерть.

Акт 2

Герою не удаётся отправиться вместе с Шандрой на поиски её деда — лусканцы обвиняют его в убийстве всех жителей пограничной деревни и требуют его выдачи. Волшебник Сэнд предлагает герою присягнуть на верность одному из дворян Невервинтера (благородному или связанному с преступниками) — тогда суд над ним пройдёт в городе.

После присяги герой (вместе с Сэндом, который решил стать его адвокатом) отправляется на поиски улик, которые могли бы доказать его непричастность к этому преступлению. Узнав, что к трагедии причастны сами лусканцы, а один из них с помощью волшебного порошка создал иллюзию, герой отправляется на суд. Однако, вне зависимости от его исхода, проигравшая сторона потребует закончить дело поединком.

Вскоре после суда выяснится, что послы Лускана сами были обмануты — маг Чёрный Гариус, воспользовавшись суматохой, смог захватить заброшенную Крепость-на-перекрёстке. Лорд Нашер приказывает герою принять участие в освобождении замка. Штурм полуразрушенных укреплений проходит быстро, однако захватить Гариуса не удаётся — он и его помощники умирают во время проведения магического ритуала.

От освобождённого Алданона герой узнаёт, что Гариус всё-таки вызвал древнего Короля Теней. Когда-то это был волшебный страж империи Иллефарн, но из-за ошибки одного мага, он стал использовать силы мира Теней и превратился из защитника в уничтожителя.

Создавая стража, маги Иллефарна предусмотрели ритуал для его уничтожения, но сами не успели его провести. Для подготовки к этому ритуалу, герой должен был посетить несколько древних статуй. Однако статую, расположенную возле Западной Гавани, слуги пробудившегося Короля Теней к тому времени уничтожили. Вместе с населением всей деревни.

Герой отправляется на поиски Аммона Джерро, которому когда-то уже удалось остановить Короля Теней. Чтобы открыть путь в его убежище, Шандра своей кровью освобождает демонов от клятвы. Однако, прежде чем кто-либо успевает вмешаться, охваченный гневом и яростью Аммон Джерро убивает её.

Акт 3

Лорд Нашер назначает героя Рыцарем-капитаном Крепости-на-перекрёстке, однако церемонию прерывает нападение орд нежити, которыми командует неуязвимая Тень-Пожиратель. После того, как врага всё-таки удаётся отогнать, лорд Нашер поручает герою подготовить крепость к обороне и отыскать способ уничтожения слуг Короля Теней.

От посланцев Лускана герой узнаёт, что Пожиратели — это Гариус со своими помощниками, и получает список их Истинных имён, прочтение которых лишит Пожирателей неуязвимости. Также герою удаётся восстановить старый союз с гномами и привлечь ящеров, которых Тень изгнала из родных болот. К тому же герой сумел собрать достаточное количество осколков, чтобы восстановить Серебряный меч Гит, который способен уничтожить Короля Теней.

В битве с ордами Короля Теней, армия Невервинтера потерпела поражение и отступила к Крепости-на-Перекрёстке. Герой с отрядами своих солдат контратаками пытается сдерживать продвижение врага, уничтожая нескольких Пожирателей, потом защищает саму крепость от лезущей на стены нежити.

Смертоносная Тень не позволяет живым дойти до развалин Иллефарна, однако маги Невервинтера нашли способ открыть прямой портал в его подземное убежище Короля Теней, где героя ждёт ещё одна встреча с Гариусом. Недобрые члены отряда получат предложение перейти на сторону Тьмы. Вместе с Гариусом против героя будет сражаться от одного до пяти бывших спутников. Победив их и Гариуса и встретив самого Короля Теней, герой может сам перейти на сторону зла и в одиночку или вместе с Епископом перебить всех остальных, на чём игра заканчивается. Иначе, предстоит победить Короля Теней в трёх версиях, но его гибель вызовет обрушение сводов. Тело героя не найдут, как и не сообщат о судьбе спутников.

Крепость-на-перекрёстке

Несмотря на свой стратегически важный статус, была заброшена по неизвестным причинам, а позже — захвачена Гариусом для проведения ритуала. По сюжету Герой, освободив крепость, получает титул Рыцаря-капитана. Теперь он вправе собирать подати с крестьян и пошлины с торговцев (за вычетом определённой суммы лорду Нашеру), но обязан подготовить крепость к обороне. Поскольку ведущие к крепости дороги успели зарости, а в окрестных лесах развелось немало разбойников, доходов поначалу практически не будет, зато расходы герою предстоят весьма значительные. Восстановить полуразрушенный замок, отстроить внутренний двор, укрепить стены, найти добровольцев-солдат, заказать в мастерских хорошее оружие и броню.

- Радиальное меню заменено на контекстное. Увеличено количество ячеек быстрого доступа (теперь их 120). Перенята система из многочисленных MMORPG, заключающаяся в переключении полос посредством спецкнопки.
- Развита возможность сбора партии.
- Добавлена фирменная фишка продолжений от Obsidian — влияние на сопартийцев (как это было в Star Wars: Knights of the Old Republic II: The Sith Lords).
- Улучшен процесс создания персонажа:
-- Теперь можно выбирать не только расу, но и подрасу. Например, вместо просто эльфа можно теперь выбрать лесного эльфа, солнечного, лунного или темного (дроу). Добавлена раса Отмеченные планами (Иные) — существа, в чьих жилах течет кровь небесных созданий или демонов. В NWN 2 представлены аасимары и тифлинги.
- В NWN 2 воплощены главные и многие престиж-классы персонажей, а также добавлены новые:
-- Чернокнижник — маг с небогатым арсеналом заклинаний, но ему не требуется подготовка, и он может их использовать постоянно.
-- Вор теней Амна — престиж-класс, для выбора которого необходимо быть членом организации
-- Девятка Невервинтера — престиж-класс, для выбора которого необходимо быть членом организации