Геймплей игры схож с традиционными консольными платформерами, такими как Mega Man и N, которые требуют высокой точности управления персонажем. Игрок управляет маленьким, квадратным, лишённым кожи персонажем по имени Meat Boy (рус. Мясной Парень), который должен спасти свою подругу Bandage Girl (рус. Пластырь-Девочка) из рук Dr. Fetus (рус. Доктор Зародыш). Игроку необходимо, управляя главным героем и используя способность скользить по стенам, провести его через уровни, содержащие различные ловушки, такие как циркулярные пилы, иглы и соль, и достигнуть Bandage Girl. Количество жизней неограничено, а после смерти Meat Boy сразу появляется в начале уровня. После прохождения уровня игроку показывают повтор, в котором одновременно отображаются последние 40 попыток прохождения.

Игра состоит из пяти основных глав, по 20 уровней в каждой. Игрок должен пройти как минимум 17 уровней для того чтобы открыть босса, после прохождения которого открывается следующая глава. После прохождения пятой главы открывается шестая глава The End, состоящая из пяти уровней. Если игрок пройдёт все пять уровней, то ему открывается финальный босс — Dr. Fetus, а после победы над ним — дополнительная седьмая глава The Cotton Alley, состоящая из 40 очень сложных уровней, в которых единственным доступным персонажем является Bandage Girl. Всего в игре доступно около 350 уровней.

При прохождении уровня «светлого мира» (англ. Light World) быстрее контрольного времени открывается альтернативная, усложнённая версия уровня в «тёмном мире» (англ. Dark World).

Во время прохождения уровня игрок может обнаружить синий портал — варп-зону (англ. warp zone), при вхождении в которую игрок попадает в мини-игру, стилизованную под одну из ретро-игр. В ней игрок имеет только 3 жизни и не может сменить персонажа. В каждой главе имеются 4 варп-зоны. В светлом мире есть одна варп-зона красного цвета, бонусом за прохождение которой является разблокируемый персонаж.

Наряду с Meat Boy в игре присутствуют разблокируемые персонажей из различных видеоигр. Каждый из них имеет свои уникальные способности, сходные со способностями своих аналогов в оригинальных играх. Некоторые из этих персонажей могут быть открыты посредством собирания достаточного количества пластырей, а остальные — путём прохождения определённых варп-зон, в которых игра на несколько уровней меняется согласно стилистике и геймплею старых игровых консолей. Персонажи, открываемые путём сбора пластырей, являются эксклюзивными для каждой из платформ.

28 декабря на сайте Team Meat появилось сообщение, в котором Эдмунд МакМиллен обращался к русским фанатам с просьбой создать обложку для российского издания игры. В этот же день, на сайте компании Бука, появилось объявление о конкурсе. Жителям России и бывшего СССР предлагалось нарисовать обложку игры, придав ей «русский колорит». Конкурс проводился с 28 декабря 2010 по 15 января 2011 года. Работы оценивали разработчики игры. 21 января 2011 года был объявлен победитель конкурса. Им оказался пользователь сайта DeviantArt (англ. DeviantArt) под ником MaadArtist. Также был показан официальный бокс-арт российского издания. На нём изображён Мясной парень в шапке-ушанке, окружённый штыками, на фоне памятника Владимиру Ильичу Ленину и Храма Василия Блаженного. Парень стоит на других убитых мясных парнях, одна его рука держит листок, на котором нарисована Пластырь-Девочка, другая рука направлена вверх. Данный арт является отсылкой к знаменитому агитплакату времён Великой Отечественной войны «Родина-мать зовёт!».